El Cerdanyola FC és un club relativament jove. Es va fundar el juny de 2006, com a resultat de la fusió dels cinc grans clubs de futbol existents fins aleshores a la nostra ciutat: Centre d’Esports Cerdanyola, UE Fontetes, EFUD Cerdanyola, CF Baroja i EF Cerdanyolense-Montflorit. La majoria d’aquestes entitats si tenien al seu darrere una trajectòria de dècades representant el futbol de Cerdanyola arreu de Catalunya.

La fusió va possibilitar la creació d’una entitat més potent en tots els àmbits: a nivell esportiu, amb més equips i una presència més destacada al panorama del futbol català; a nivell social, en aplegar-se les masses socials de les entitats fusionades, i a nivell econòmic, en poder gestionar un pressupost significativament superior als que gestionaven cadascun dels clubs dissolts.

Quan a les instal·lacions, el club compta amb els camps del complex esportiu La Bòbila – Pinetons, tots dos de gespa artificial i el Municipal de Fontetes